POLYGEN Polyploïdes dans les programmes d’amélioration génétique d'huître creuse Crasssostrea gigas

L’exploitation des huîtres polyploïdes, en particulier des individus triploïdes (3n), stériles, constitue un produit majeur des écloseries commerciales d'huître creuse (75-90% du naissain vendu par les écloseries d'huître creuse en France). Ces animaux triploïdes peuvent êtres issus soit d’une induction (rétention d’une copie du génome par rétention d’un globule polaire à la fécondation) soit par croisement d’individus tétraploïdes (4n) avec des individus diploïdes (2n). Les programmes de sélection sont actuellement menés avec des individus diploïdes et plusieurs questions existent quant à l’expression et la transmission du gain génétique effectué vers les individus tétraploïdes et triploïdes. Pour répondre aux objectifs ci-dessus, nous proposons de :   (1) Optimiser les outils de génotypage actuels sur des individus tétraploïdes : des individus tétraploïdes de pedigree connu seront génotypés sur une puce de génotypage SNP haute densité (450 000 SNPs) pour définir les marqueurs les plus pertinents pour l’assignation de parenté et la sélection génomique ; une nouvelle puce moyenne densité (45000 SNPs) sera alors développée avec ces marqueurs.   (2) Développer des outils et méthodes adaptés aux polyploïdes (logiciel de détermination des génotypes, logiciel d’assignation de parenté permettant la reconstitution des pedigrees d’individus triploïdes issus de parents tétraploïdes et diploïdes, chaîne de traitement de données pour la prédiction des valeurs génétiques).   (3) Évaluer en condition de production réelle une cohorte d’individus diploïdes et triploïdes apparentés pour comparer les performances et établir les paramètres génétiques, dans deux environnements contrastés.   (4) Mettre au point une méthode d’induction par traitement hyperbare en testant une gamme de conditions d’intensité, de timing et de durée de traitement hyperbare après fécondation.